الیاف پنبه به طور گسترده در قالی بافی به کار می روند، به طوری که می توان گفت که تار و پود بیشتر فرش های ایران از پنبه است. یکی از امتیازات رشته های پنبه نسبت به انواع پشمی آن، این است که چون آفت بید به خوردن آن علاقه ای ندارد، فرش هایی که تار و پود آنها از پنبه می باشد در صورتی که در معرض بیدخوردگی قرار گیرند تنها پرز و یا گوشت آنها از بین می رود و سوراخ و یا حفره ای در آنها ایجاد نمی شود؛ در نتیجه به آسانی می توان طبقه جدیدی از پرز را از طریق گره زدن بر روی شبکه ی تار و پود فرش که سالم باقی مانده است، به وجود آورد.
از ویژگی های مهم الیاف پنبه استحکام آن است. الیاف پنبه به دلیل خاصیت کششی کمتری که در مقایسه با الیاف پشمی دارند برای تار و پود قالی مناسب تر هستند. طول و قطر الیاف پنبه با توجه به نوع و شرایط اقلیمی کشت آن متفاوت است و هر چه طول بیشتر و قطر نازکی داشته باشند مرغوب ترند. پنبه ی ایران با خصوصیات ویژه ای که دارد بر خلاف عدم قابلیتش برای بافت پارچه های ظریف و برای تار و پود فرش های درشت بافت بسیار مناسب است، بر خلاف آنکه برای بافت پارچه های ظریف مناسب نیست.
از الیاف پنبه ای نمی توان برای پرز قالی استفاده کرد. در موارد بسیار نادری دیده شده است که پنبه را براق و ابریشم نما کرده و فرش های ابریشمی تقلبی از آن بافته اند. گاهی برای پود گذاری به جای پنبه از الیاف ویسکوز نیز استفاده می شود. برای تشخیص پنبه از ویسکوز بهترین روش این است که الیاف مشکوک را در آب خیس کنند. الیاف ویسکوز بعد از این عمل به راحتی پاره می شوند، در حالی که پنبه مقاومت بیشتری از خود نشان می دهد.